Это было первое высшее учебное заведение на территории Великого Княжества Литовского. К его основанию был причастен Орден иезуитов, который создал самую передовую для своего времени систему образования в Европе.
维尔纽斯大学是立陶宛大公国第一所高等教育机构。当时在欧洲创建了最先进的教育系统的耶稣会，成为了学校的基础。

Первым ректором открытой согласно привилегии великого князя Степана Батуры Виленской академии стал Пётр Скарга, знаменитый католический проповедник, писатель и полемист, который, кстати, хорошо владел белорусским языком и написал на нем ряд произведений.
斯捷潘·巴图拉公爵特认命第一任校长为彼得·斯卡加。他是伟大的天主教传教士，并能够流利地使用了白俄罗斯语，并用白俄罗斯写下很多著作。

В начале Виленская «Альма матер» имела теологический и философский факультеты, а с 1641 года - и юридический. В 1586 году при академии была открыта типография.
最初，维尔纽斯大学只有神学和哲学专业，从1641年起，学校开设法学专业。从1586年起，还开设了印刷学专业。

С 1773 года, после постановления папы римского об упразднении Ордена иезуитов, академия перешла под руководство Образовательной комиссии (по сути, первого в Европе министерства образования) и в 1781-м была преобразована в Главную школу Великого княжества Литовского. Согласно университетскому архиву, в период с 1583 до 1781 ученые степени были присвоены тут 4076 лицам.
1773年后，教皇废除耶稣会后，学院开始接受教育委员会管理。1781年，学院转型成为立陶宛大公国主要学校。根据学校档案，在1583年至1781年间，学院共接收了4076名学者。

В 1803 году древняя школа стала называться императорским Виленским университетом. На то время в нем существовали факультеты литературы и свободных наук, нравственных и политических наук, медицинский и физически-математический. Университет являлся центром Виленского учебного округа.
1803年，学校改名为维尔纽斯帝国大学。在当时，学校开设文学和自由科学，道德和政治科学，医学和物理数学等专业。学校成为立陶宛大公国的学术中心。

 

На протяжении всей его истории значительную часть студентов и преподавателей Виленского университета составляли выходцы из белорусских земель.
在整个历史中，维尔纽斯大学的师生有很大一部分为白俄罗斯土地上的移民。

В первой трети XIX века при Виленском университете действовали художественные кафедры гравюры, скульптуры, живописи и рисунке, где студенты получали подготовку для поступления в академии искусств.
十九世纪前期，维尔纽斯大学开设了雕刻、绘画等专业，学生可以在这里接受艺术教育，为进入艺术学院做准备。

После принудительного присоединения Беларуси к Российской империи университет был мощным центром духовной оппозиции колонизаторам. Ряд виленских преподавателей и студентов приняли активное участие в национально-освободительном восстании 1830-1831 годов. Это сыграло определяющую роль в закрытии университета царскими властями в 1832 году.
白俄罗斯被俄罗斯帝国侵占后，大学成为了反殖民主义的基地。维尔纽斯的师生们积极参加了1830年至1831年的民族解放运动。而这也直接导致了沙皇当局在1832年宣布关停大学。